Behörighetskrav

150 hp avklarade kurser inklusive alt. 1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap alt. 2) 90 hp biologi.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• diskutera och tillämpa principer för avgränsning och identifiering av arter och andra taxa
• redogöra för fältets centrala koncept samt principer för fylogenianalys, speciellt baserat på parsimonikriteriet
• diskutera och tillämpa metoder för att generera relevanta molekylära data, främst sekvensdata
• välja och tillämpa existerande programvara i de moment som ingår i kursen, från att generera relevanta molekylära data till fylogenianalys
• kritiskt analysera, värdera, sammanställa och presentera resultatet från fylogenianalyser.

Innehåll

Kursen behandlar centrala koncept inom allmän och molekylär systematik, tekniker för insamling av molekylära data och grundläggande metoder för fylogenianalys. Systematiska frågeställningar och metoder för att adressera dessa; fylogenetiska träd, homologibegreppet, klassificering. Fylogenianalys; karaktärer och karaktärskodning, sekvensinpassning, parsimonikriteriet och andra optimalitetskriterier, trädsökning, stickprovsfel och stöd, praktisk fylogenianalys. Avgränsning och identifiering av taxa; artbegrepp, kriterier och metoder för att avgränsa arter i praktiken, identifiering av arter med DNA sekvenser. Molekylära data; typer av molekylära data för fylogenianalys och identifiering, extraktion, amplifiering och sekvensering av DNA.

Undervisning

Kursen består av föreläsningar, seminarier och laborationer.

Examination

Delkurser: Teori 5 hp; Laborationer 5 hp

Teoridelen examineras med skriftligt prov, skriftlig rapport och seminarier. Laborationsdelen har obligatorisk

närvaro med muntliga och skriftliga redovisningar.