Fylogenianalys

5 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1MB515

Det finns en senare version av kursplanen.
Kod
1MB515
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Bioinformatik A1F, Teknik A1F
Betygsskala
Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 6 mars 2018
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

120 hp samt Molekylär evolution

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • planera, utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten

Innehåll

Fylogenetiska träd och andra modeller för evolutionära släktskap. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), datorlaborationer (2 hp).

Litteraturlista saknas.

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin