Behörighetskrav

Bioinformatiska analyser I

Mål

Kursen fokuserar på analyser av transkriptom och proteom.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

* skissera och tillämpa processen för analys av mikromatrisdata samt förklara de olika delmomenten

* kritiskt utvärdera olika experimentella och predikterade strukturmodeller och välja den lämpligaste

* analysera veckningen hos ett okänt protein och identifiera dess strukturfamilj

* förklara berörda tekniker för förutsägelse av struktur och funktion

* välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

* kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på analyser av transkriptom och proteom, och innehåller följande moment och aspekter:

Mikromatrisanalyser; expressionsmönster och genomlikheter, normalisering, klustring.

Makromolekylära strukturer (protein och RNA); tredimensionell struktur, strukturdatabaser (t.ex. PDB), validering, sökning, jämförelser och klassificering av proteiner i strukturfamiljer. Prediktion av funktion från sekvens och struktur; strukturprediktion, program för modellbygge, datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata, sekvensanalys för modellering av sekundär och tertiär struktur. Strukturbaserad utveckling av läkemedel.

Proteomik; masspektrometriska analyser.

Metaboliska och regulatoriska nätverk. Systembiologi.

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar motsvarande 2 hp och projektuppgift motsvarande 1 hp har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov motsvarande 2 hp.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.