Fylogenianalys

5 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1MB515

Kod
1MB515
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Bioinformatik A1F, Teknik A1F
Betygsskala
Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 8 februari 2023
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

120 hp samt Molekylär evolution. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • planera, utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten

Innehåll

Fylogenetiska träd och andra modeller för evolutionära släktskap. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), datorlaborationer och seminarier (2 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteraturlista saknas.

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin