Behörighetskrav

Programmeringsteknik I. Datastrukturer. Diskreta strukturer inom bioinformatik I.

Syfte

Kursen skall ge kunskap om principer och metoder för representation av och inferens med biomedicinsk kunskap i form av ontologier, metaboliska, regulatoriska och andra kunskapsbaser, samt ge insikt om den datavetenskapliga bakgrunden för kunskapsbaserad modellering av grundläggande biologiska koncept och förmåga att tillämpa kunskaperna.

Innehåll

Datavetenskapliga grunder för kunskapsrepresentation och slutledning.

Grundläggande koncept såsom diskreta sökrymder, algoritmer och heuristiker.

Programmering i LISP. Kunskapsrepresentation och inferensmekanismer.

Simulering av metaboliska nätverk och genreglering.

RNA-struktur och andra tillämpningar på heuristisk sökning.

Introduktion till analys av naturligt språk och textförståelse.

Undervisning

Föreläsningar, lektioner och handledning.

Examination

Laborationer, projekt samt skriftligt prov.