Behörighetskrav

Programmeringsteknik I. Datastrukturer. Diskreta strukturer inom bioinformatik I.

Syfte

Kursen skall ge kunskap om principer och metoder för representation och inferens med biomedicinsk kunskap (genontologier, metaboliska, proteomiska och andra kunskapsbaser). Kursen skall vidare ge insikt inom datavetenskapliga principer för representation och inferens, maskininlärning, samt sökning och hantering av icke-strukturerade informationskällor såsom textdatabaser.

Innehåll

Datavetenskapliga grunder för kunskapsrepresentation och logiskt resonemang. Grundläggande koncept såsom diskreta sökrymder och sökalgoritmer. Introduktion till maskininlärning. Modellering med hjälp av villkorssystem. Simulering av biologiska system, artificial life. Introduktion till tillnärmat resonemang och beslutsstöd. Introduktion till analys av naturliga språk och textförståelse, med tillämpningar inom funktionell genomik. Grundläggande logikprogrammering och funktionell programmering.

Metoderna tillämpas på ett brett spektrum av bioinformatiska problem. Data hämtas från biologiska och medicinska kunskapskällor såsom funktionsdatabaser (Gene Ontology), databaser för metaboliska nätverk (KEGG), genomdatabaser, proteindatabser (SwissProt m.fl.), artikeldatabser (PubMed), patientjournaler mm. I kursen ingår laborationer samt ett projekt där ett utvalt biologiskt problem studeras.

Litteraturseminarier skall ge utblickar till intressanta problemområden i ämnet.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier, datorövningar, inlämningsuppgifter och projektarbete.

Examination

Skriftlig tentamen vid kursens slut samt hemuppgifter. För godkännande krävs också godkänt projekt.