Behörighetskrav

120 hp inklusive (1) 15 hp datavetenskap, varav 5 hp programmering, och 15 biologi; eller (2) 15 hp inom Masterprogram i bioinformatik, varav 5 hp programmering; eller (3) 15 hp inom Masterprogram i biofysik, varav 5 hp programmering. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• förklara teorier och metoder relevanta för hantering och analys av stora datamängder inom biovetenskapliga tillämpningar
• använda moderna system för hantering och analys av stora datamängder inom biovetenskapliga tillämpningar;
• analysera egenskaper hos dataintensiva biovetenskapliga tillämpningar och använda analysen till att föreslå lämpliga strategier för att hantera tillämpningen;
• kritiskt analysera, diskutera och presentera lösningar skriftligt och muntligt.

Innehåll

Metodik vid biovetenskapliga tillämpningar där begrepp och metoder inom storskalig datahantering används. Processning av biovetenskapliga data med programmeringsmodellen MapReduce, exempelvis Apache Spark, batchsystem på beräkningskluster, reproducerbar dataanalys med hjälp av workflowsystem, analys med mjukvarucontainers och mikrotjänstbaserade ramverk exempelvis Kubernetes. Användning av storskaliga lagringssystem och virtualiserade miljöer. Biovetenskapliga problemställningar med storskaliga data inom exempelvis genomik, proteomik, metabolomik, cellbiologi, läkemedelsutveckling och AI/maskininlärning.

Undervisning

Föreläsningar, gästföreläsningar, laborationer, seminarier och grupphandledning.

Laborationer och seminarier är obligatoriska.

Examination

Skriftlig tentamen. Muntlig och skriftlig redovisning av inlämningsuppgifter. Aktivt deltagande i seminarier och laborationer.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med 1TD065 Big data i biovetenskap.