Behörighetskrav

120 hp inklusive Genomik – experimentella metoder, Bioinformatisk metodik och Genombiologi.

Mål

Kursen fokuserar på bioinformatisk analys av storskalig sekvensdata.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna

• sammansätta råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
• identifiera och annotera gener och annan kodande information i genomsekvenser samt kritiskt granska existerande annoteringar
• analysera storskalig sekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
• identifiera evolutionärt och ekologiskt intressanta aspekter i storskalig sekvensdata
• välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från storskaliga sekvensanalyser

Innehåll

Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av storskaliga sekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter:

Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

För godkänd kurs krävs deltagande i minst 80% av seminarierna och att samtliga datorövningar har redovisats skriftligen och är godkända (2 hp). Teoridelen examineras även genom ett skriftligt prov (3 hp).