Allmänt

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med kurserna Farmaceutisk bioinformatik 3FF575 eller 8FF575 då innehållet delvis är detsamma.

Ersätter och motsvarar kurs 3FF576 Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys, 7.5 högskolepoäng.

Behörighetskrav

Inom masterprogrammet i läkemedelsmodellering krävs att tidigare kurser i programmet har genomgåtts.

Inom Apotekarprogrammet ska den studerande ha minst 150 hp samt genomgått alla kurser på termin 1-7.

För civilingenjörsprogrammen kemiteknik, molekylär bioteknik och bioinformatik gäller minst 120 hp varav 30 hp biovetenskap.

För fristående kurs krävs farmacie kandidatexamen/receptarieexamen 180 hp eller motsvarande.

Kunskaper i engelska motsvarande vad som krävs för grundläggande behörighet till svensk högskoleutbildning.

Mål

Efter fullgjord kurs ska studenten kunna:

• beskriva bioinformatiska verktyg och metoder och hur de kan användas inom läkemedelsforskning
• använda bio- och kemoinformatiska programvaror, t.ex. för sekvensanalys, expressionsanalys, funktionsprediktion, 3D- visualisering och struktur-aktivitetsbaserade metoder
• lokalisera relevant information i biologiska och kemiska databaser
• träna, validera, och använda prediktiva modeller baserade på biokemiska data
• beskriva och utföra enklare sekvensanalys
• beräkna numeriska representationer av kemiska strukturer och korrelera dessa till målproteinsinteraktioner
• tolka och validera resultat från ovan nämnda metoder

Innehåll

Kursen innehåller teori och metoder för bioinformatisk analys samt grunderna för hur bioinformatiska verktyg kan användas för att lösa problem inom farmaceutiskt område. Kursen innehåller introduktion och historik till farmaceutisk bioinformatik, representation av biologiska och kemiska data i datorer, biologiska och kemiska databaser. Kursen innehåller därutöver teori och metoder för analys av experimentella biologiska data, sekvensanalys, expressionsanalys, prediktiv modellering, validering av modeller, struktur-aktivitetanalyser, och applikationer inom farmaceutisk bioinformatik. För storskaliga analyser kommer högpresterande datorresurser att användas.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar och datorövningar. Obligatoriska moment: Kursstart, datorlaborationer och inlämningsuppgifter. Kursen kan komma att ges på engelska.

Examination

För godkänd kurs krävs godkänd skriftlig individuell tentamen samt godkända obligatoriska moment. Varje student har möjlighet till sammanlagt sex tentamenstillfällen, dvs. en tentamen och fem omtentamina.

Komplettering av obligatoriska moment kan ske tidigast vid nästa kurstillfälle och då i mån av plats.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t. ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare.