Behörighetskrav

150 hp inklusive (1) 60 hp biologi och 30 hp kemi, eller (2) 90 hp kemi och biologi, varav minst 60 hp kemi. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Det övergripande målet med denna kurs är att ge studenten avancerade kunskaper om relationen mellan makromolekylers struktur och funktion.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• redogöra för grunderna för biologiska makromolekylers uppbyggnad och egenskaper
• förklara strukturella mekanismer för hur viktiga biologiska processer sker och kontrolleras: t.ex. katalys, cellsignalering och translation
• redogöra för principerna för de viktigaste metoderna för strukturanalys: röntgenkristallografi, NMR och elektronmikroskopi och analysera kvaliteten i de modeller som metoderna leder till
• analysera strukturella detaljer i makromolekyler med hjälp av molekylgrafikprogram
• använda databaser med information om makromolekylers struktur och funktion
• använda, analysera och kritiskt granska resultat av metoder för förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur av makromolekyler
• förklara grundläggande koncept och kritiskt granska relativa styrkor och svagheter hos beräkningsbiologiska metoder
• presentera och diskutera vetenskaplig litteratur inom kursens område muntligt och skriftligt

Innehåll

Grundläggande strukturbiologi och strukturell bioinformatik

Grundläggande makromolekylär struktur, proteiner, DNA och RNA . Metoder för experimentell strukturbestämning av makromolekyler och komplex. Biologiska sekvens- och strukturdatabaser. Samband mellan sekvens, struktur och funktion. Förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur baserat på sekvensdata. Strukturanalys och klassificering av proteiner i strukturfamiljer.

Cellens strukturbiologi

Makromolekylär struktur och funktion i bland annat translation och veckning. Veckningsprocessen och strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik.

Bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet i enzymer och receptorer. Introduktion till strukturbiologi inom läkemedlesutveckling. Introduktion till datormodellering av ligandbindning, proteinveckning och enzymkatalys.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar, datorövningar, laborationer, seminarier och projekt. Deltagande i datorövningar, laborationer, seminarier och projekt är obligatoriskt.

Examination

Delkurser: Teori 7 hp; Seminarier, datorövningar och laborationer 3,5 hp; Projekt 3 hp; Skriftlig rapport i beräkningsbiologi 1,5 hp.

Teorin examineras genom skriftliga prov. Seminarier, datorövningar och laborationer fordrar aktivt deltagande. Projektet examineras genom skriftlig och muntlig redovisning.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kan ej ingå i samma examen som 1BG351 Biomolekylers struktur och funktion 10 hp.