Behörighetskrav

120 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioteknisk metodik, Genomik –experimentella metoder och Multivariat dataanalys och försöksplanering.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för mätmetoder för att studera proteom och metabolom, inklusive deras för- och nackdelar med avseende på t.ex. arbetsinsats, kostnader, och känslighet
• utföra rådataanalys på insamlad mätdata, såsom identifiering och minimering av systematiska och slumpmässiga mätfel, konvertering till standardiserade format, kvalitetskontroll och identifiering av metaboliter och proteiner
• redogöra för applikationer för proteomik och metabolomik inom biomedicin och biologi
• välja mätmetoder och utföra grundläggande experimentell försöksplanering för givna biologiska och biomedicinska problem.

Innehåll

Introduktion till proteomik och metabolomik. Vanliga mätmetoder med tillhörande rådatanalysmetoder för att studera proteomet, särskilt masspektroskopi och antikroppsbaserade metoder. Vanliga mätmetoder med tillhörande rådatanalysmetoder för att studera metabolomet, särskilt masspektroskopi och NMR-spektroskopi. Grundläggande försöksplanering för olika kombinationer av mätmetod och biomedicinskt problem. Försöksplanering för och iterativ optimering av mätdatakvalitet. Grundläggande mätmetodspecifik rådataanalys för respektive metod som studeras. Viktiga publika databasresurser som t ex Human Proteome Atlas och spektroskopi- specifika databaser för rådata identifiering av metaboliter, peptider och protein. Biomedicinska och biologiska tillämpningsexempel inom bl a farmakologi, patologi, toxikologi och cellbiologi.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier, datorövningar och projekt.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp) , datorövningar (2 hp).