Tillämpad farmaceutisk strukturbioinformatik

Om kursen

Kursen lär hur man löser praktiska problem inom farmakologi, biovetenskap och bioinformatik genom användning av fritt tillgängliga datorprogram och databaser som relaterar till strukturen hos funktionsproteiner och målproteiner för läkemedel.

Kursen omfattar bioinformatik för nukleotid- och aminosyrasekvenser och strukturbioinformatik. Däri ingår översikt över metoder, databaser och programvara för analys och hantering av aminosyra- och nukleotidsekvenser, sekundär- och tertiärstruktur av proteiner, metoder och verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur, molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning. Fokus i kursen ligger på praktiska övningar där du löser uppgifter med din dator.

Specifikt omfattar kursen följande delar:

• Introduktion till strukturbioinformatik inom läkemedelsområdet.
• Sekvensinpassning och sekvensdatabassökningar, praktiska övningar i parvis och multipel sekvensinpassning samt arbete med sekvensdatabaser med inriktningar på applikationer inom läkemedelsområdet.
• Tekniker och programvara för prediktion av proteiners sekundärstruktur. Genomgång av Pfam och PROSITE databaserna.
• Tekniker och metoder för prediktion av proteiners 3D-struktur. Bakgrund, molekylmodellering och energiminimering. Verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur, validering av 3D-strukturer.
• Praktiska övningar med MODELLER programvaran samt strukturvalidering med PROCHECK.
• Den fysikaliska grunden för molekylärdynamisk simulering. Övningar i molekylärdynamiska simuleringar av proteiner med GROMACS.
• Molekylär dockning och läkemedelsscreening. Verktyg och tillämpningar rörande datorstödd design av läkemedel.
• Praktiska övningar med AutoDock och AutoDock Vina tools.

Uppläggning för distanskurs: Kursen ges i form av audiovisuella webbföreläsningar, nedladdningsbart material för självstudier och lärarledda övningar på nätet via en nätbaserad undervisningsplattform, samt genom uppgifter som du löser på din egen dator med hjälp av programvara som kan laddas ner från nätet. Kursen har inga fasta tider och du kan därför utföra dina uppgifter på valfri tid över varje studievecka. Kommunikation mellan lärare och student sker via undervisningsplattformen samt via e-post. Examination sker vid slutet av kursen via nätet.