Behörighetskrav

Introduktion till bioteknik och bioinformatik. Cellbiologi.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för uppbyggnad av och vanliga strukturelement i proteiner, DNA och RNA
• förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur.
• beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
• använda sekvens- och strukturdatabaser
• använda datorprogram för att visualisera tredimensionella strukturer och med hjälp av dessa kunna analysera struktur-funktionssamband
• bedöma validiteten hos information i strukturella databaser
• använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
• redogöra för mål, teoretisk bakgrund och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat

Innehåll

Makromolekylers uppbyggnad och egenskaper (proteiner, DNA, RNA). Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet. Makromolekylers funktion belyst av ett antal exempel.

Biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för modellbygge. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata; sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar.

Examination

Dugga, seminarieuppgifter och skriftligt prov vid kursens slut. I kursen ingående laborationer/övningar och seminarier är poängsatta med 2 hp.