Tillämpad farmaceutisk strukturbioinformatik 2019/2020 (5 hp)

HT19, Blandad tid, 50 %, Distans

Startdatum: 2 september 2019

Slutdatum: 17 oktober 2019

Sista ansökningsdatum: 15 april 2019

Anmälningskod: UU-37316 Anmälan

Undervisningsspråk: Engelska

Studieort: Flexibel

Urval: Platsgaranti

Uppläggning för distanskurs: Kursen ges i form av audiovisuella webbföreläsningar, nedladdningsbart material för självstudier och lärarledda övningar på nätet via en nätbaserad undervisningsplattform, samt genom uppgifter som studenten löser på sin egen dator med hjälp av programvara som kan laddas ner från nätet. Kursen har inga fasta tider och studenten kan därför utföra sina uppgifter på valfri tid över varje studievecka. Kommunikation mellan lärare och student sker via undervisningsplattformen samt via e-mail. Examination sker vid slutet av kursen via nätet.

VT20, Blandad tid, 50 %, Distans

Startdatum: 20 januari 2020

Slutdatum: 5 mars 2020

Sista ansökningsdatum: 15 oktober 2019

Anmälningskod: UU-87316 Anmälan

Undervisningsspråk: Engelska

Studieort: Flexibel

Urval: Platsgaranti

Uppläggning för distanskurs: Kursen ges i form av audiovisuella webbföreläsningar, nedladdningsbart material för självstudier och lärarledda övningar på nätet via en nätbaserad undervisningsplattform, samt genom uppgifter som studenten löser på sin egen dator med hjälp av programvara som kan laddas ner från nätet. Kursen har inga fasta tider och studenten kan därför utföra sina uppgifter på valfri tid över varje studievecka. Kommunikation mellan lärare och student sker via undervisningsplattformen samt via e-mail. Examination sker vid slutet av kursen via nätet

Behörighet: 150 hp kemi, biologi, biokemi, farmaci, medicin eller odontologi, alternativt annan motsvarande utbildning enligt särskild prövning

Avgifter: Du som inte är medborgare i ett EU-/EES-land eller Schweiz måste betala anmälnings- och studieavgift.

Läs mer om avgifter och stipendier.

Anmälningsavgift: 900 kr

Studieavgift, första inbetalningen: 12083 kr

Studieavgift, totalt: 12083 kr

Om kursen

Kursen i tillämpad farmaceutisk strukturbioinformatik lär hur man löser praktiska problem inom farmakologi, biovetenskap och bioinformatik genom användning av fritt tillgängliga datorprogram och databaser som relaterar till strukturen hos funktionsproteiner och målproteiner för läkemedel.

Kursen omfattar bioinformatik för nukleotid- och aminosyrasekvenser och strukturbioinformatik. Däri ingår översikt över metoder, databaser och programvara för analys och hantering av aminosyra- och nukleotidsekvenser, sekundär- och tertiärstruktur av proteiner, metoder och verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur, molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning. Fokus på kursen ligger på praktiska övningar där du löser uppgifter med användande av din dator.

Specifikt omfattar kursen följande delar:

  • Introduktion till strukturbioinformatik inom läkemedelsområdet.
  • Sekvensinpassning och sekvensdatabassökningar, praktiska övningar i parvis och multipel sekvensinpassning samt arbete med sekvensdatabaser med inriktningar på applikationer inom läkemedelsområdet
  • Tekniker och programvara för prediktion av proteiners sekundärstruktur. Genomgång av Pfam och PROSITE databaserna.
  • Tekniker och metoder för prediktion av proteiners 3D-struktur. Bakgrund, molekylmodellering och energiminimering. Verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur, validering av 3D-strukturer.
  • Praktiska övningar med MODELLER programvaran samt strukturvalidering med PROCHECK.
  • Den fysikaliska grunden för molekylärdynamisk simulering. Övningar i molekylärdynamiska simuleringar av proteiner med GROMACS.
  • Molekylär dockning och läkemedelsscreening. Verktyg och tillämpningar rörande datorstödd design av läkemedel.
  • Praktiska övningar med AutoDock och AutoDock Vina tools.

Mer information

Kursplan med litteraturlista

Kursplan med litteraturlista

För varje kurs finns en formell kursplan. Den innehåller kursens benämning, omfattning och syfte. I kursplanen får man också upplysningar om huvudsakligt innehåll, kurslitteratur och hur examination går till.

Studentportalen

Studentportalen

Studentportalen ger inloggade studenter tillgång till kurs- och programsidor, studieresultat, studieintyg, kårinformation med mer. För att kunna logga in krävs att du skaffar ett studentkonto. Kurs- och programsidor i Studentportalen går också att se utan inloggning här. Sidorna innehåller basinformation samt de funktioner som institutionerna har valt att göra synliga.

Kontakt

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap

Biomedicinskt centrum BMC, Husargatan 3

Box 591, 751 24 UPPSALA

Ola Spjuth

E-post: ola.spjuth@farmbio.uu.se